O presidente da República é o comandante supremo das Forças Armadas, conforme estabelece o artigo 84 da Constituição Federal. Entre suas atribuições está a nomeação dos comandantes do Exército, da Marinha e da Aeronáutica. No entanto, essa autoridade está sujeita a limites constitucionais.
Com a posse do próximo presidente, prevista para 5 de janeiro de 2027 no texto original, o chefe do Executivo federal também assumirá o comando das três Forças. A disputa eleitoral entre Lula (PT) e Flávio Bolsonaro (PL) definirá quem ocupará o cargo no próximo mandato.
Apesar da prerrogativa de comando, o presidente não pode tomar todas as decisões militares de forma independente. A declaração de guerra e a autorização para a mobilização nacional, por exemplo, seguem procedimentos estabelecidos pela Constituição, que preveem a participação do Congresso Nacional nos casos aplicáveis.
Em 2024, o Supremo Tribunal Federal (STF) reforçou os limites da atuação militar ao decidir, por unanimidade, que as Forças Armadas não exercem o papel de poder moderador. Com isso, os militares não podem intervir em disputas entre os Poderes Executivo, Legislativo e Judiciário.
A decisão reafirmou que a atuação das Forças Armadas deve respeitar a ordem constitucional e que a autoridade do presidente não permite interferências na autonomia dos demais Poderes.
Durante o julgamento, o ministro Luiz Fux destacou que atribuir aos militares a função de resolver conflitos entre os Poderes violaria o princípio da separação de Poderes, uma das bases da Constituição Federal. Segundo o ministro, essa interpretação também daria às Forças Armadas poder para decidir divergências sobre o significado das próprias normas constitucionais.

